Der er foreslået flere moderne videnskabelige modeller til forklaring af hvordan akupunktur virker. Aktivering af bestemte nervebaner og hjernecentre, og produktionen af bestemte signalstoffer spiller måske en rolle. En del eksperimenter er udført for at afprøve dem, men endnu er de præcise mekanismer ikke fastslået for akupunktur. Det er dog påvist at akupunktur kan stimulere produktionen af endorfiner, også kaldet ”kroppens eget morfin”. Dette hænger godt sammen med at akupunktur kan bruges imod smerter og ubehag – den mest udbredte anvendelse af akupunktur i vesten.
